礦物跟其它物體一樣，對於不同波長的光具有吸收、反射和透射等不同的反應，因此產生各種不同的顏色，對於寶石而言，顏色更是決定其價值高低最重要的因素之一。 舉個例子，紅寶石和藍寶石其實都屬於剛玉，主要成分為三氧化二鋁，而剛玉通常呈透明無色，但是一旦有少量的三價鉻離子取代三價鋁離子之後，晶體就會顯現出豔麗的紅色，也就是紅寶石；同理，若剛玉含有少量的鐵離子和鈦離子，會呈現人類視覺感應中的藍色，就成了藍寶石。這些會影響寶石顏色的離子，就稱之為「呈色離子」或「色素離子」，雖然含量不多，但在同一寶石內往往因為呈色離子的不同，而展現出各種繽紛的色彩，這也是寶石迷人的地方。