透明度是寶石允許可見光透過的程度，一般與寶石的純淨度、雜質多寡、內含物或裂紋程度有著密切關係。以1公分以上的寶石薄片為準，如果光線很容易穿透，就可稱為透明，如鑽石、剛玉或水晶類寶石，都有透明度很高的品種；如果僅能讓少許光線穿透，稱之為半透明，如石榴子石、碧璽、翡翠、軟玉就有不少半透明的品種；如果光線無法穿透，就稱之為不透明，一般像塊狀產出的綠松石、青金岩和大部分的有機寶石，都屬於不透明寶石。寶石礦物對光的吸收率及反射能力通常較弱，所以多數呈透明或半透明。就同類寶石而言，其透明度在不同國家或不同礦區都可能有所差異，但無論如何，寶石透明度的高低，內部瑕疵的多寡，是影響寶石品質的重要因素。