二○○○年的九月二十七日開始，博物館的考古隊，在鹿寮遺址工作了兩個多月，而這也是近三十年來，鹿寮遺址的第一次考古發掘，當然現在的鹿寮，與何主任當年調查時相比，已經很不一樣了，開了很多馬路，蓋了很多房子，甚至還出現了大賣場與麥當勞。我們發掘的地方，位在鹿寮國中東邊，一塊長滿雜草的荒地上。這裡以前種過甘蔗，不久前才被挖土機剷掉一部分，可能打算蓋房子吧？不知為了什麼原因，沒有繼續施工，地就荒在那兒了。從挖土機挖開的地方，可以看見地層的剖面，在地面下二十公分到七十公分深處，有許多貝殼和陶片，那是古人丟棄廢物的垃圾堆。