水蛙窟遺址的地點位於東經120°52'44",北緯24°26'56",也就是在埔里鎮市街中心的西北方約四公里處,在地形上屬於埔里盆地的北端。在遺址東側兩百公尺的溪谷階地上,有台二十一號省道通過。其地點所在的行政區屬於台灣省南投縣埔里鎮史港村。