馬祖由許多島嶼組成，除了南竿、北竿、東莒、西莒、東引、亮島、高登、大坵、小坵等，尚有許多無人島嶼。各島嶼的岩石均為火成岩及變質岩，由中生代的花崗岩構成島嶼基盤，現代的沉積岩僅在山谷入海處可見小規模沖積，花崗岩為構成大陸地殼的主要成分，質地非常堅硬。

　　馬祖的花崗岩經過海浪的長年侵蝕後形成海蝕景觀，如東引島的海蝕柱、海蝕門、海蝕凹璧、海蝕溝等。