蛇的體形大小最小約15公分，最大可長到6米長。所有蛇身體沒有四肢(除了某些蛇在每邊的排泄孔有後肢的遺留物)。軀幹包含了約120塊脊椎骨，有些蛇甚至超過585塊（如蟒蛇Morelia oenpelliensis）。身體兩側有一對肋骨，前兩塊脊椎骨（寰椎和樞椎）分別依附頭骨和幫助頭的轉動。肋骨雖纖細但結實。肋骨可長到超過一半軀幹而向下延伸到腹部的大鱗片止。多數蛇（除了盲蛇外）有一對肋骨與每個腹部鱗片相應，腹部鱗片的數量通常和脖子和軀幹的脊椎骨數量相等。肋骨和腹部鱗片之間的關係是移動的重要角色（請看蛇如何爬行和游泳單元）。
　　尾部的（尾巴）脊椎骨和肋骨的數量是根據尾巴的長度和功能而定。通常肋骨只出現在少數尾椎骨前緣。
　　蛇有著乾燥角質的膜，鱗片的排列、大小和數量由蛇的種類和地點。一般來說，頭上面有鱗片，旁邊有較小的鱗片，嘴巴跟下頜下面有更小的鱗片。外皮的有彈性，但外皮最大的伸縮性是在嘴和頸前附近。頭後的鱗片變小。身體的鱗片通常是有規則的排列，長軸的對象線。每排鱗片都有固定的數目，通常數量從奇數13到27。特定的種類有相同的鱗片數目。鱗片的數目通常隨著身體大小變化而變化。通常身形細的蛇比粗的蛇有較少排的鱗片。然而，一些粗蛇只有一些大鱗片剛好與細蛇相反。鱗片數量不會隨著成長改變。鱗片的數量與排列在孵化或成年是一樣的的。
　　大部分蛇的腹部及前頸到鼻子有大矩形的鱗片排列。這單排的腹部鱗片是活動時不可缺少的；這些鱗片提供推向側邊和向前的優勢。蛇的鱗片間伸展約在腹部鱗片之間，當體積大的食物通過腸子時腹鱗會礦張到最大。當然不是所有的蛇皆有寬大的鱗片。海蛇的鱗片較小因需在海生環境裡減少摩擦所致，盲蛇的鱗片大小幾乎相等，可能為保護自己在吃蟻蛋時免受螞蟻和白蟻的侵襲。
　　蛇的皮膚較鬆弛，通常附屬於身體肌肉組織。當它嚥下獵物時，身體能前後或上下的伸展。較軟的皮膚位於鱗片和鱗片重疊處，所以蛇皮能有效伸展。當食物從後方經過腸子時，蛇皮伸展力最大。但有的肥胖蛇和被飼養的蛇的鱗片卻是分開的。
　　位於骨骼與皮膚之間的肌肉是蛇運動的力量來源；不需四肢，蛇身體就能透過肌肉系統與肋骨和脊椎骨的複雜連鎖作用而運動。肌肉連接脊椎骨到肋骨，並且連接到腹部的鱗片。這些複雜的聯繫讓蛇的身體特別的靈活，這種特殊的運動結構提供很多蛇緊密勒死動物的功能。
　　蛇很多的脊椎骨與肋骨是相連的，其功能像複雜的繩索（肌肉）滑軸去製造波動運動和其他動作。每塊脊椎骨由肌肉連接前後二到三塊脊椎骨，並且由肌肉啟動一個或更多的肋骨和皮膚。肌肉滑動使蛇有很好的靈活性產生複雜的重疊處和運動控制；但蛇頭部肌肉雖較不複雜，僅形成一個精密結構來移動下頜的許多骨頭。
　　蛇的頭骨由三個單位組成，包括腦殼（頭蓋骨）、感覺中樞的腦、下頜器官。腦殼是個多骨的盒子來保護他的腦袋與以一個安裝肌肉和許多下頜骨頭附著的表面。腦殼上的感覺器官有鼻子、眼睛和耳朵。
　　下頜在頭部的兩側由頜骨組成。每個鄰近的肌肉在頭的同一側能獨立移動，它的另一邊也是一樣。蛇的頭骨比其他脊椎動物的頭骨更特別，它幫助蛇逮住和吞嚥大的食物。蛇比其他多數肉食性脊椎動物吞食比其身體更大的獵物。缺乏四肢和犬齒，蛇不能握住或撕裂他們的食物，因此必須整個吞下它。消化道是一支長管，從嘴到肛門所有器官可擴張的。嘴內有很多的牙齒幫助它們抓住、咬住和吞沒食物。毒牙也刺穿食物讓助消化的酵進入食物。讓唾液腺（黏液）流入口腔。唾液塗在食物上能緩和及協助食物通過食道進入胃，這裡的肌肉非常發達的。食物經胃酸和酵素消化。消化物從胃通過進入相當短小的腸進一步消化和營養吸收。接著進入大腸和吸收水分的結腸並經過肛門進入泄殖腔，最後排出體外。泄殖腔排泄和生殖共有的器官。
　　排泄系統包括一對腎臟。從腎臟排出經輸尿管直接倒入泄殖腔。蛇沒有膀胱。尿和含氮排泄物是半流質的糊狀物的尿酸結晶體，因此和鳥排泄物是類似的。尿酸排泄物是無毒的、含水量低。 　　
　　氧氣傳送和二氧化碳藉血液循環經循環系統傳送或排除。蛇的心臟有二心房和一心室：二心房收集缺氧血和一心室收集由肺來的充氧血。儘管沒有主要血管到四肢，蛇的動脈和靜脈與其他爬蟲類和哺乳動物類似。其中最主要得不同點某些蛇有脊椎網狀組織以提供爬行或提高頭前進使用；例如美國鞭蛇。這個靜脈網狀組織位於脊柱內與門靜脈互相聯繫。當蛇橫臥時門靜脈是主要血液管道。然而爬行或提高頭前進導致血管的血壓降低，所以網絡保護血液流動和頭部的血壓平衡。