蛇有肺臟。所有的蛇有一個右肺，有的種類也有一個左肺，左肺通常較小，右肺較大且通常向後延伸至身體中間。右肺的長度在不同種類中是有變化的，但在同種類是一致的。
　　許多種類中一個正常大小或萎縮的左肺、一個似肺的結構會出現。這個構造由心臟前面的氣管壁所生成。這個氣管肺和常見的肺在少數內臟部份是單一的血囊。空氣的進出由肋骨的擴張和收縮操控；蛇沒有橫膈膜。
　　當蛇吞沒體形大的獵物時，口腔會被塞滿且空氣被堵塞的，這個時間可伸出聲門（進入氣管起端）在食物下嘴的邊緣向外擴大（通常從旁邊）；所以一張塞滿食物嘴的蛇仍然能呼吸。
　　蛇和其他爬蟲類的呼吸過程是由兩個階段完成，包括短暫空氣的流動和較長中斷期。身體的收縮使空氣從肺而出（呼氣）而身體的擴張產生一個半真空、把空氣引入肺（吸入），接著呼吸停止。休息中或不受干擾的蛇有短暫幾秒到幾分鐘不等。潛水的蛇，呼吸暫停是特別長。雖然北美洲水蛇的生理測試指出搜尋獵物最少能潛入水中5到25分鐘，但新數據更嚴謹的推測，指出正常的潛水期間實際上是更短的，平均約70秒且很少超過12分鐘（Nerodia sipedon）。這些報告也顯示出不同種類之間的潛水期間亦不同，獵物的類型、氣溫、水的深度與渾濁等都能影響潛水時間長短。
　　海蛇（Elapidae）潛入水中5到30分鐘，甚至到一小時。大部分水生的蛇潛入水中覓食時會多次浮出水面換氣（透氣循環）。潛入時間大約取決於搜尋的深度。在水面覓食時，蛇頻繁地呼吸，每次約20秒到2分鐘。同樣地，一隻行動的蛇需要氧氣支配它。蛇積極搜索或獵物的掙扎時常需要常浮出水面換氣。
　　當水蛇在睡覺或冬眠時留在水中時間較長，因為新陳代謝的活動變慢。在這樣的時期，皮膚的呼吸（氣體交換通過皮膚）能提供充分的氧氣和呼出二氧化碳。有些非水生的美國錦蛇（德州鼠蛇）是在井水中冬眠時被發現的，但不知道他們是否在水面做定期的活動或實際上仍是在水裡冬眠了整整四到五個月之久。