蜥蜴並非無時無刻都保持在活躍的狀態，每日以及季節性的活動循環和溫度有著密切的關聯。有些物種屬於日行性或夜行性也會影響牠們在白天或黑夜的活躍程度。一般而言，在沙漠中的蜥蜴，如果在白天活動的，晚上就不會活動；而在晚上活動的，白天就不活動，或是不像晚上那麼活躍。
　　比日行性或夜行性這種二分法還要更複雜的，是加上由蜥蜴自身的歷史效應和物種間交互關係，而產生的每日以及季節性活動型態的影響。每個物種生長的地方，也就是微棲地，也會以很不明顯的方式影響體溫以及活動力。在體溫調節以及活動力之間的關係也會隨著物種而有所變化，且存在著各種可能的例外情況。比方說，沙漠的蜥蜴在春天及秋天時會在正午時刻活動，而到了夏天則轉變為上午及下午活動；而在北美洲的沙漠則出現夏天在正午時刻活動的蜥蜴，似乎是為了躲避掠食者的追擊。而在熱帶雨林，則是於雨季時蜥蜴會在正午時刻活動，到了乾季轉變為上午活動。活動的時間型態、空間利用以及身體溫度的關係相互依存，甚至彼此之間會以複雜的方式互相限制，有時這些限制顯得錯綜複雜且難以理解。舉例來說，熱能的情況會以獨特的方式在時間上與特殊的微棲地改變有關聯，當日某一時刻的絕佳曬太陽地點，有可能到了另一天卻變得乏人問津。又比如樹棲型的蜥蜴，當周遭空氣溫度較低需要曬太陽時，會在上午及下午接受陽光的洗禮；而到了日正當中，原本陰涼冰冷的樹幹上頭的蜥蜴又必須進行避暑行為。
　　在溫熱乾燥的環境當中，蜥蜴動物相的豐富度，相對比濕冷的森林地區來得多。在沙漠中的蜥蜴可以短暫地享受高溫所帶來的高代謝率，在這段時間牠們相當地活躍，而到了氣候惡劣時，牠們則是盡量不活動，並盡力減低代謝的活性。外溫性使得這些蜥蜴能夠充分利用這些難以預期的食物供應。內溫動物屬於低能量的動物，供應一隻小型鳥類食物的份量，竟然足夠提供一隻蜥蜴長達一個月的食物量！內溫性的鳥類或哺乳類必須等待天候較佳的時刻才能外出活動，等待的期間依舊必須付出大量的代謝成本，而蜥蜴只要躲在地底下保持不活動，牠們的代謝率就會降到非常低以應付惡劣環境，從這方面來看，蜥蜴相對來說是比較成功的；然而如果在食物充足的前提下，內溫動物則是比較成功。