大多數有機體的體內有65-75％的水，由於體內有許多的化學反應必須倚賴水分作為溶劑，因此如何維持水分進出體內的平衡非常重要。不同於兩生類，牠們的皮膚具有通透性，水分可以快速地進出體內，蜥蜴散失水分的速度則是非常緩慢，並藉著喝下或是吃下食物中的水分來維持水量。還有一個原因是兩生類的棲地多半在水域附近，水分的交換相當頻繁且容易，相對地蜥蜴的棲地經常很長一段時間都沒有水，因此必須藉由皮膚的保護以防止水分過度散失，大部分的水都是在呼吸時散失的。不像哺乳類的尿素必須溶解在水分當中，蜥蜴和鳥類以尿酸的形式排出氮的排泄物－一種乾燥的白色糊狀物質，因此蜥蜴及鳥類會比哺乳類散失較少的水分。
　　在蜥蜴當中，水分的散失和蜥蜴的體型有關，隨著體型越大，散失的水分會越少。主要的原因是水分的散失與表面積的大小有關，表面積越大散失的越多，而當蜥蜴的體型越大，牠的體表面積和體積比就會越小（單位體積的表面積越小）。然而，體型大小和水分散失之間的關係還是有很大的變化，有時與體型大小無關。有一部分水分散失多寡的原因和棲地的演化適應有關，在乾旱地環境生長的蜥蜴，水分散失就會比在在濕度適中的環境來得慢。比較合理的解釋為，蜥蜴在濕度適中的環境當中，有水的演化歷史較長，相對應的適應也伴隨著發生；而在乾旱環境的蜥蜴則沒有發生。
　　有些蜥蜴的物種則是會經由眼睛流失大量的水分。比如說，幼年時期的巨蜥，經由眼睛流失的水分，佔了流失水分總量的65％。具有眼瞼的蜥蜴則是比具有眼鏡（透明膜）的蜥蜴多流失兩倍的水分。
　　還有一些在乾旱環境生長的蜥蜴，為了減緩水分流失的速度，可以容忍體內溶質濃度的增加。牠們在經歷長時間夏季的乾旱之後，呈現嚴重脫水的狀況。因為這些蜥蜴沒有鹽腺可以分泌多餘的鹽份，特別是鈉，因而使得體內鹽份異常升高（稱為「高血鈉症」）。這些蜥蜴通常以螞蟻為食，這些螞蟻體內也富含了鈉。在乾旱期間，這些蜥蜴會停止吃螞蟻，變得不太活動，並且開始抵抗高鈉的溶質濃度直到雨季來臨使牠們有水可喝並排除掉鹽份。除了這些蜥蜴無法分泌鹽份以外，很多蜥蜴則是藉由鼻腔的鹽腺來排除多餘的鹽份。