在蜥蜴的行為科學當中，關於化學訊號以及費洛蒙的了解還處於初期階段。無論是雄體或是雌體都會產生化學訊號，然而雄體產生的化學訊號似乎是打算傳送給其他雄體，而雌體產生的則是打算傳送給雄體。
　　說到有鱗目的化學訊號，最重要的莫過於用來偵測化學訊號的三個已經完整發展的系統。首先是已發展完整的鼻嗅覺系統（用來感受氣味），包含了在鼻腔內的感覺上皮細胞，用以偵測飄散在空氣中的化學分子。第二個是味覺系統（用來嚐味道），由味蕾組成，味蕾在舌尖的味覺乳突密度最高。最後是用來補充這兩個系統不足之處的犂鼻系統，包含了在嘴巴頂部（上顎）的袋狀結構，以及一對犂鼻器官（也稱為「犂鼻器」）。每個犂鼻器都含有一個背側感覺上皮，神經纖維在大腦中經由副嗅球傳送資訊。犂鼻器官在口腔當中經由犂鼻窗孔而打開，犂鼻窗孔則是位在鼻嗅覺系統的內部開口前方（內鼻孔）。犂鼻系統並非蜥蜴及蛇類獨有，蜥蜴的老祖先以及兩生類同樣也有，不過只有有鱗目的管子開口在嘴巴裡面。
　　蜥蜴的舌頭則是用來接收較重的（非經空氣傳送的）化學訊號。這些訊號被舌頭帶到口中，在接觸到味蕾以後，經過鼻嗅覺及犂鼻系統，這個過程必須經由讓拉伸出去的舌頭不斷地拍動以接觸那些暴露在空氣及地面的化學物質來完成。大多數的人都只會把舌頭拍動與蛇類聯想在一起，而不是蜥蜴。事實上，有很多蜥蜴也會頻繁地拍動牠們的舌頭。舌頭的型態變化很大，有些蜥蜴的舌頭又短又粗，拍動時只能伸出一點點；而有些則是又長又富有彈性，甚至形成叉狀，可以伸長橫掃很遠的地方，就跟蛇類一樣。
　　化學訊號的偵測及翻譯似乎是有優先順序的，比較容易發散的化學訊號首先由鼻嗅覺偵測後，再更進一步地刺激犂鼻系統。犂鼻系統可以辨識出那些較不易發散的化學訊號。這種發展相當完善的系統被用於辨識物種、性別以及社會狀態等，有鱗目甚至會使用叉狀的舌頭來偵測遺留下來的氣味訊號。
　　在系統分類學上，蜥蜴的化學感知系統受到相當的限制。以鬣蜥類的變色龍為例，牠們完全失去了犂鼻系統的功能，幾乎完全仰賴視覺訊號來進行社會行為及獵物的辨識，而牠們的老祖先以及硬舌類的蜥蜴則有著完善的化學感知系統。這可能是因為鬣蜥類的舌頭在攝食功能上有所發展導致在化學感知系統受到影響。 　　化學訊號可以更進一步地被延伸到大腿的毛細孔、皮膚以及泄殖腔區域。許多雄體蜥蜴的後腿下方後緣，到了生殖季時會分泌一種蠟狀的化學物質，這些物質被塗抹在雄蜥的領域，可能是用來標記物種的位置，有些甚至分泌的蠟狀化學物質可以吸收紫外線，只讓有偵測紫外線波長能力的蜥蜴物種能夠發現得到。至於非領域性的蜥蜴分泌的蠟狀化學物質功用為何，目前仍是未知。
　　利用化學訊號定位的雌體蜥蜴，在泄殖腔外壁腺體產生的化學訊號物質在物種、性別、接受度和個體辨識上相當重要。科學家於實驗室當中發現雄體麗紋石龍子會利用化學訊號追蹤雌體的的行蹤，因而引起了高度注意。此外，這些化學訊號也用於辨識是否為相同的物種。
　　如果從人類的觀點來看，蜥蜴能夠利用氣味辨識彼此似乎令人難以置信，畢竟我們多半藉著臉部或其他較為明顯的形態特徵來分辨，尤其是辨識親屬關係。然而我們還是會部分利用非視覺上的訊號來辨認。比方說，母親可以經由氣味認出她們的小孩，或是人類借著味覺辨認自己的配偶。親屬關係的辨識在演化上有非常顯著的優勢，特別是在物種的親代照顧這個方面。如果說雌體必須投資能量照顧子代的話，那牠們應該會選擇投資「自己」的子代。很少會有蜥蜴的親代照顧範圍會超出卵的照護或是撫育剛從胎盤膜出生的子代。胎生的小蜥蜴剛出生時也能藉由化學訊號辨認自己的母親。同樣地，就算是自己的子代被其他的雌體所領養，牠們也能從中辨認出哪些自己的孩子，同樣道理如果這隻已經花時間照顧別人子代的雌體，非要牠挑出誰是自己的骨肉也不成問題。