有鱗目與喙頭目不同，喙頭目藉由泄殖腔的並列來交配（沒有引導插入的器官）。交配時有鱗目必須將雄體成對的半陰莖當中的其中一個插入雌體的泄殖腔中，才能達成目的。半陰莖是有鱗目相當重要的特徵，它的結構相當奇特，表面經常覆蓋著向後彎曲的刺；當不使用時，它會被倒過來放置於尾巴基部內。兩個半陰莖中平常都只有一個會被用到，然而有鱗目為何會有兩個半陰莖至今仍是個謎，有可能只是因為雙面對稱所發展出來的結果那麼簡單。
　　蜥蜴的性活動並不僅僅包含交配，引導交配的一系列求偶行為通常也是非常複雜且能夠維持好幾天。求偶的立即功能就是刺激雌體與特定的雄體進行交配，而長期的功能則是確保雌體能夠與帶有優良性狀基因的雄體進行交配。
　　在社會系統當中，雄體的素質直接與牠們擁有的領域有關。如果雌體居住在雄體的領域範圍內，雄體就不會延長求偶的時間。這就是為什麼雄體的安樂蜥科蜥蜴會行動快速地接近雌體，咬住牠們的脖子並直接進行交配。在這個例子當中，雌體接受交配所需要的全部條件就是雄體擁有優良的領域。相對地，如果是陌生的雌體，就必須要伴隨大量的展示行為才有可能爭取到交配的機會。
　　非領域性的蜥蜴像是蛇蜥類，雄體的其他特徵就顯得格外重要。在沒有領域可供防禦的情況之下，隨機出現的蜥蜴並不表示就是周遭素質最佳的雄體，儘管體型大小和型態可以提供是否值得交配的部分資訊，但在未經過比較的情況之下，雌體並無法做出決定。藉著延長求偶，雌體可以從中獲得好處，基本上可以讓素質較佳的雄體有機會取代其他雄體來向牠們求愛。因此延長求偶時間在那些大範圍覓食且不須防禦特定資源的物種當中相當常見。一但交配成功後，雄體通常都會守護配偶，阻止其他雄體想和其配偶交配的企圖，以確保其父親的地位。
　　綠鬣蜥的交配方式則是相當制式化。雄體同樣地接近其他雄體與雌體，進行頭部上下移動的展示行為，並開始與其他雄體發生侵略性的互動以及對雌體的求偶行為。求偶時，雄體與雌體會進行一些振動式的頭部上下移動，之後雄體接近雌體，以搜尋的方式將牠的頭部移過雌體的脖子，然後咬住脖子上的皮膚。咬緊脖子後，雄體後退並跨坐在雌體身上，試圖用自己的尾巴舉起雌體的尾巴。之後雌體舉起尾巴，雄體將牠半陰莖的其中一個插入。如果雌體不願意接受，在一開始相遇的階段就會以搖擺頭部的展示方式拒絕。
　　巨蜥有著相當複雜的求偶行為，包括視覺、化學及觸覺上的溝通。當雌體在地上休息時，雄體會由其後方接近。當接近到肩膀區域時，雄體會用舌頭輕彈雌體的脖子、肩膀以及後腦勺，然後雌體會將頭轉開，而當雄體左右移動頭部時，會將頭部放到雌體的脖子以及頭上，然後用下巴向下推。接下來通常雌體會起身走開，不過雄體會跟上去，爬到雌體上面，用前肢壓住牠的前肢，強而有力地舉起自己的尾巴；這顯然可以刺激雌體也舉起自己的尾巴，就在當下交配就開始進行。有些例子當中的雄體會咬住雌體的脖子，而有些則是會發出嘶嘶聲。整個過程相當短暫，僅僅約二十秒至兩分鐘。視覺的訊號可幫助雄體定位雌體的位置，化學訊號可用來辨識物種及性別，而觸覺訊號則是用來刺激異性。
　　大多數蜥蜴物種的研究當中，型態特徵與行為特徵似乎有著密不可分的關係，這大概是因為雄體有著雌體所沒有的結構。比方說安樂蜥科蜥蜴的頸下垂皮、變色龍的角等等在社會互動上扮演中心角色的形態特徵。因為這兩者之間的密切關係，有人於是假設在演化上也有相同的連結。但經過實驗證明，即使失去這些特徵，行為依然存在，顯示出這個假設並無法被支持。當然這個結論可能無法套用在所有蜥蜴身上，畢竟蜥蜴的社會行為是個複雜且有趣的問題。