台灣的蜥蜴物種雖然豐富，但僅僅涵蓋了世界蜥蜴當中的五個科（飛蜥科、壁虎科、正蜥科、石龍子科以及蛇蜥科），下列為世界蜥蜴的分類階層表：
有鱗目分類階層 |
鬣蜥類
鬣蜥科
冠蜥亞科
項圈蜥亞科
櫛尾蜥亞科
鬣蜥亞科
盾尾蜥亞科
角蜥亞科
安樂蜥亞科
脊尾蜥亞科
飛蜥科
變色龍科 |
硬舌類
壁虎類
壁虎科
蛇蜥類
裸眼蜥科
頸帶蜥科
正蜥科
夜蜥科
石龍子科
環尾蜥科
板蜥科
蛇蜥科
異蜥科
鱷蜥科
巨蜥科
婆羅蜥科
毒蜥科
蠕蜥類
蠕蜥科
蚓蜥科
佛羅里達蚓蜥科
雙足蚓蜥科
分類未定
雙足蜥科
蛇亞目（衍生自此） |
從系統分類學來看，蛇類（蛇亞目）是從蜥蜴其中一個分類枝演化而來的。