台灣特有種蜥蜴，指的是在台灣生長的這種蜥蜴是全世界僅有的，世界上其他地點都不會看到，因此不管是什麼動物的特有種，都是國家珍貴的寶藏。如果在台灣發現一個新的物種，並不一定會是特有種，有可能只是新的記錄種，意思是說，這種記錄種的蜥蜴在其他國家也有出現，台灣並非唯一發現，有可能是藉由某種方式而來到台灣，亦或是在很早之前就已經出現在台灣，只是生長在相當隱密的地方，直到開發後才被發現。
　　台灣是一個島嶼國家，四面環繞著海水，在這種被孤立的地形加上不似鳥類或昆蟲一般可以飛行的情況下，很容易因為無法和其他陸地或島上的蜥蜴產生基因交流而出現新的物種。目前台灣的特有種總計有13種，佔台灣所有蜥蜴物種的40.6％，如果加上3種特有亞種，比例更高達48％，將近一半的物種都是特有種，其多樣性相當高，這種高特有種比例在台灣其他脊椎動物當中相當少見。
　　目前台灣蜥蜴的特有種有：台灣滑蜥、台灣蜓蜥、菊池氏壁虎、雅美鱗趾虎、台灣草蜥、雪山草蜥、梭德氏草蜥、蓬萊草蜥、短肢攀蜥、呂氏攀蜥、牧氏攀蜥、斯文豪氏攀蜥以及台灣蛇蜥共13種，而特有亞種有：台灣中國石龍子、白斑中國石龍子以及黃口攀蜥共3種。