所謂台灣的外來種蜥蜴，指的是並非因為自然的演化或遷移，而是因為人類有意或無意地攜入或引進，導致台灣以外地區的蜥蜴進入台灣這塊土地生活，卻能夠完全適應台灣的環境，進而衍生出穩定族群，其中最顯著的例子就是綠鬣蜥。綠鬣蜥在國外地區，因為經常被當作食物獵捕，數量日漸稀少，甚至達到了瀕臨絕種的地步，然而這種顏色相當華麗的蜥蜴，尤其在幼體時期，相當受到人們喜愛，也被台灣寵物商人認為是一種商機而從國外加以引入。原本保育類是不能夠隨意進口的，但不肖商人卻透過各種管道走私進口，將這些蜥蜴大量販賣給台灣的蜥蜴愛好者作為寵物。然而，如前面的文章所描述，綠鬣蜥長大後，體型會變得相當龐大，不但相當佔空間，且甚至具有危險性，繼續養下去將花費很多金錢與新力，這導致原本買來當作寵物的愛好者以各種不同的藉口拒絕繼續豢養。有良心的愛好者會尋求他人幫助，將寵物捐給保育單位或博物館作為研究，但沒有良心且沒有生態保育知識者（此為多數）便不負責任地隨意丟棄。外來的寵物其實在台灣是非常難以生存的，飼主通常需要花費心思購買保溫箱、水箱等器材來控制溫度、濕度才能維持寵物的生命，若遭到棄養多半難以活命；然而綠鬣蜥遭到棄養後，卻意外地能夠適應台灣的氣候環境，也因此開始形成大量且穩定族群，甚至威脅到本土物種，形成台灣相當詭異的現象：保育類的外來入侵物種。
　　台灣的外來種蜥蜴最早的則是在1992年在高雄縣境內發現的多線南蜥，這種蜥蜴根據推測，是從印尼爪哇島隨著原木的進口而不小心被引進的。而更近期的則是於2000年在嘉義三界埔的苗圃當中發現的沙氏變色蜥，這種蜥蜴原產於古巴、巴哈馬以及鄰近島嶼，於1998年便有學者發現其幼體，兩年後族群趨於穩定而形成強勢的入侵種，唯最近幾年其分布範圍似乎沒有明顯的擴張，對於本土種的蜥蜴尤其是飛蜥科的影響尚有待研究。
　　像綠鬣蜥這種作為寵物的蜥蜴，是否能明確定義為外來種，還有很大的爭議，畢竟目前台灣進口國外物種，甚至走私保育類物種的情形相當氾濫，如果將這些物種都歸類為外來種未免太過牽強，但無論如何，這些外來種的入侵，都會對台灣的本土種，尤其是特有種造成極大的威脅，是個非常值得重視的問題。