覆蓋於花崗岩質基盤岩石之上而構成本島廣大台地或丘陵地者，為第三紀初至第四紀或近代之沉積岩，部分區域亦夾雜中新世之玄武岩熔岩地層。
　　矽質玄武岩熔岩層之分布，於金門雙乳山曾有玄武岩出露之報導，近年來調查採集曾於乳山民眾公墓以東乾溝中見玄武岩碎片數塊，追索母岩露頭不可得，頗感疑惑。迄今金門島內真正玄武岩熔岩或風化殘留玄武岩礫石層實未獲得實證。而於小金門南塘之大山頂，青岐之亂石山，西路之龍骨山，庵頂之麒麟山及西吳村後面山，出露大塊玄武岩岩塊，尤以大山頂分布至為廣泛。依地形推算，熔岩流厚度於大山頂最少10公尺，下部為瓷土層，色黃白，厚度約1公尺，未發現化石，再下則為花崗片麻岩。麒麟山 (海拔189公尺) 及龍骨山 (海拔177公尺) 為小金門最高山嶺，其頂部全為玄武岩礫岩塊所分布，其礫徑與大頂山所出露者相同，下部為花崗片麻岩。此一廣泛分布之礫岩塊，為玄武岩層沿節理面風化侵蝕破裂而成目前現象。烈嶼青岐是金門地區唯一的一段玄武岩海岸，沿青岐海岸南行，可到達最南端的南山頭，此地由柱狀玄武岩構成的峭壁，氣勢雄偉，極富景觀之美（圖1）。玄武岩抵擋強烈的西南風，護衛烈嶼的南方海岸，亦是絕佳的天然屏障。
　　金門烈嶼主要為矽質玄武岩（圖2），由斜長石、輝石與少量橄欖石、鈦鐵礦組成（圖3）。主要出現於烈嶼南塘、陽山大山頂、青岐亂石山、石路、青岐南山頭。
　　總體而言，金門地區出露之火成岩依其組成礦物顆粒大小、產狀可分為深成岩 (花崗岩、鹼性花崗岩、混合岩、閃長岩)、半深成－淺成岩(流紋斑岩、長英斑岩)、脈岩類 (細晶岩、偉晶岩、煌斑岩、綠簾石岩) 與噴出岩 (玄武岩) 等。