兩生類擁有千變萬化的色彩，呈現在人類眼中的色彩是由於對光線不同的吸收、反射（化學色彩）以及繞射和其他干涉現象（物理色彩）的組合所引起。它們是由皮膚表皮層的色素微粒、位在真皮層中富含色素而稱為色素體的特化細胞或是偶爾出現於組織深處的色素所產生。大部分青蛙呈現出的綠色是將藍色及黃色色素的組合分離而產生，但是在某些新熱帶地區的物種卻是由綠色的分泌物，稱為膽綠素的膽汁色素在軟體組織及骨頭處所致。
　　許多兩生類藉著將黑色素（有著黑或深咖啡的顏色）或在色素體中的其它色素集中或分散以改變顏色，但由於這些改變主要受到賀爾蒙控制，因此變化相當緩慢，慢到須以秒到分的時間尺度來計算。藉由這種方式改變顏色的兩生類，如同許多爬蟲類一樣能自己調節體溫，這是因為較深的體色所吸收的輻射量比較淺的體色來得多，因此青蛙在烈日下會呈現蒼白或幾乎全白的顏色。令人印象深刻的例子發生於當青蛙的身體有一部分被遮蔽時，在陰影的邊緣會呈現出兩種色調。黑色素也是對紫外線極有效的過濾器，紫外線波長的陽光極有可能會傷害身體組織及遺傳物質並和自然界中某些物種數量的減少有關。
　　顏色和圖樣常被兩生類用來隱藏自己（保護色），如此能避免被掠食者偵測到而成為獵物。雖然許多兩生類有足以使掠食者致命的皮膚毒素，但大多數物種仍具有保護色。許多物種也會利用與背景相稱的方式來偽裝，或是呈現能破壞身體輪廓的干擾色。
　　某些棲息於森林地面的青蛙（例如：山角蟾、新熱帶地區的葉蛙及南美洲的擴角蛙屬（Hemiphractus））看起來就像落葉，甚至鉅細靡遺到具有與葉緣以及如葉中脈斑紋般的肉質發射器。不同的物種具有不同的色斑（多型性（polymorphism）），這使得掠食者很難有可靠的搜尋圖像。詳細的研究顯示青蛙背部的反射率與背景能精確地吻合，甚至在特定的波長下也僅有微小的變化。某些新熱帶地區的青蛙，當牠們坐在葉子上時，其在可見光及近紅外線的光譜都能和背景一致，其中近紅外線光譜的一致能隱藏自己不被樹棲性掠食者像是猴子及藉由紅外線感應窩（pit）接受器進行搜索的蝮蛇（pit viper）發現。許多物種具備有效的反蔭蔽（countershading），牠們的腹部上側較深但顏色較淺，若從下方逆著淺色天空看上去，會使得牠們在水中很難被發現。
　　相對地，某些物種則具有容易被偵測到明顯色彩。這些物種當中例如新熱帶地區的箭毒蛙及歐洲的火蠑螈，有著具毒性的皮膚分泌物，且牠們鮮明的色彩對潛在的掠食者而言已演化成一種不要攻擊牠們的警告（警戒色）。某些美味的物種會藉由偽裝成不好吃的物種來獲得保護（貝氏擬態）；位在北美洲東部東方的紅背無肺螈會藉著將顏色改變成與紅斑蠑螈的陸生階段相同來避敵，這種紅色的水蜥具有足以讓掠食者致命的皮膚毒素。同時，水蜥與有毒的紅土螈也有不同的關聯（穆勒氏擬態）。牠們利用掠食者會將對某物種不好的經驗類推到顏色及斑紋相似的物種身上，而呈現相同色調的警告色。
　　有些物種結合了保護色和警告色，當牠們被從上方往下看時會使用保護色，而色彩鮮明的腹部則是在遭遇到掠食者威脅時才暴露出來。歐洲和亞洲的鈴蟾，以及太平洋和美洲西部的水螈都具有皮膚毒素且遭受壓力時會表現出一種所謂的「預感反射」。
　　其他以顏色及圖樣恫嚇掠食者的例子還包含了青蛙閃耀的顏色。這些鮮明的色彩只在身體表面像是大腿側面或後側才有，且在牠們休息時看不見，但在一次又一次的跳躍中會不斷地出現及消失，如此可以混淆試圖捕捉有色物體的掠食者。南美洲的四眼蛙（False-eyed frog）在臀部處擁有兩個大型、如眼睛般的斑點；在受到威脅時會將臀部對向掠食者。有些青蛙具有人類的可見光譜完全看不見的圖樣。例如：澳洲的白氏樹蛙（White's tree frog）其吻部具有一個只能在紅外線範圍才看得見的大型斑點；它的功能目前仍是未知。
　　顏色和圖樣也用於物種間與物種內的辨識，共用同一區域的不同物種往往具有可辨識的不同顏色圖樣。某些物種其性別會隨著顏色而有顯著地不同（像是優勝美地蟾蜍（Yosemite toad）及金蟾蜍（Gold toad））；這種性別二型性對日間活動的物種來說具有性別辨識的功能。來自千里達和委內瑞拉的千里達彩胸箭毒蛙（Stream frog），其鳴叫中的雄性會轉變成烏黑的顏色，且只會和其他也變為黑色的雄性打鬥，而落敗者會在幾分鐘內變回棕色。