所有蚓螈都是行體內受精。雄性將其泄殖腔前面的部分擠壓出來，並插入到雌性的開口而直接將精子輸入雌性生殖系統當中，就如同爬蟲類、鳥類以哺乳類受精的方式一般。儘管水生物種曾被觀察到在交配前會有波浪狀的「跳舞」，然而實際上對於牠們配偶的識別及求偶方式可說是一無所知。蚓螈基本的物種在靠近河流的洞穴中產卵，具有鰓的幼體在孵化後會扭動身體以進入水中，直到變態完全後才成為陸生。有些物種則是直接發育，卵被產於地底下而幼體直接在裡面發育直到變態完成，使得小型的成體被孵化出來。而似乎所有產卵的物種其雌性都會提供親代照顧而停留盤繞在卵的周圍。
　　胎生（產出活體）是蚓螈的生殖當中最引人注目的特徵。可能所有物種當中有一半會將發育中的幼體留在輸卵管中直到完全變態。在卵黃的供應耗盡了以後，會利用來自輸卵管的大量腺體分泌物「子宮奶」來供應幼體養分，極少數的青蛙及蠑螈也演化出這樣的機制。發育中的胎兒有許多小型牙齒，其在不同物種的形狀不盡相同，這與餵食輸卵管腺體的分泌物有關聯，牠們僅僅在出生時才需要成熟的牙齒。經由胎兒和母體的微血管到流動血液之間的物質輸送，胎兒的鰓被認為可用來和母體之間進行氣體交換，也可能是營養交換。蚓螈懷孕的時間很長，依照物種的不同可從7個月到11個月不等，且這段期間大部分是由母親的分泌物來使幼體獲得營養。蚓螈每一窩約可產下2-25隻幼體，且每個胎兒的重量在懷孕期間會劇烈增加，因此母體對於能量的需求相當的大。