營埔遺址位於台中縣大肚鄉營埔村，大肚溪（烏溪）北岸的河階上，範圍東至營埔巷一線，西至渡船頭聚落附近，南至大肚溪河堤，北至縱貫線鐵路一帶。遺址的分布範圍相當廣大，南北長約1000m，東西寬約 500m，面積約 450,000㎡。當地的地勢大致平坦，高程約在海拔 23–25m之間，略呈北高南低。

營埔文化雖然分布範圍廣大，遺址眾多，在台灣史前文化史上的地位重要，但作為營埔文化的命名遺址—營埔遺址，早期的幾次發掘都只發表了簡報，對於遺址的內涵，描述得較為簡略。在1964年之後，考古學者未再發掘營埔遺址，只進行多次地表調查與採集工作， 1972到1974年間，由張光直主持的「臺灣省濁水溪與大肚溪流域考古調查計畫」，雖然以營埔文化為主要研究對象之一，卻沒有再發掘營埔遺址。

1992年至1999年之間，國立自然科學博物館人類學組曾多次前往營埔遺址進行地表調查，亦曾經委託國立中正大學地震研究所的陳浩維教授，進行小規模的透地雷達探測。但因為當地大部分是水稻田，而且農民習慣以大型機具整地及構築梯田，所以不容易找到合適的地點進行考古發掘。

1999年8月，在渡船頭聚落附近進行地表調查時，發現在廣明編織廠前的果園中，除了因為種樹而挖掘了一些坑洞之外，大致上未經破壞；由挖出來的泥土中，及坑洞的斷面上，可看見許多陶片與石片等史前遺物。判斷，當地的文化層保存情形較好，史前遺物豐富，而且是營埔遺址上少數未闢為水田的土地，很適合進行發掘。

國立自然科學博物館人類學組的考古隊，於1999年8月23日至10月18日發掘營埔遺址，期間曾因921大地震而停工2週，總計30個工作天，挖掘了 8個 2m×2m的探坑，加上拓坑，面積合計約 38㎡。發掘規模雖然不大，但出土的遺物卻很豐富。﹝何傳坤、劉克竑 2006﹞

本次發掘的地點，位於台中縣大肚鄉渡船頭聚落東南方約 300m處，在廣明編織廠南側，一小片長條形的果園中（地號為大肚鄉追分段1015號），果園的寬度只有10m，加上旁邊的水泥通道，寬度也只有16m，長度約80m，兩側都是水稻田，南端連接河堤道路。發掘地點位置的經緯度為北緯 24°07’08”，東經 120°32’49”；二分帶坐標系統為 E203946m× N2668256m（TWD67）或 E204775m× N2668050m（TWD97），此處位於營埔遺址的西南邊緣地帶，距離現在的烏溪河床北岸約 60m。果園的地表高程約海拔 24m；發掘標準面由考古隊自訂，高出地表約30㎝。 ﹝何傳坤、劉克竑  2006﹞

試掘探坑主要集中在果園內的遺物密集區內，共開設 8個 2m×2m的探坑，都是磁南北向，以發掘次序之先後，編號為P1～P8。發掘採人工水平層位，每一層挖掘10㎝，直到人類活動現象結束為止，最深的探坑挖到地面下160㎝。為方便記錄，每一個2m×2m的探坑，又劃分為4個1m×1m的小單位，將東北、東南、西南、西北四角，分別名為a、b、c、d四區。由於地面上 有為了種植果樹，以挖土機挖掘的坑洞，探坑只能挑選坑洞與果樹之間的隙地挖掘，因此排列得不很整齊。部分探坑之間原來留有界牆，探坑挖掘結束之後，將界牆拆除，取出其中的史前遺物。

本次發掘營埔遺址的目標如下：

一、以小規模探坑試掘的方式，探究營埔遺址文化層的堆積情形，並採集考古遺物。

二、深入了解營埔文化的命名遺址—營埔遺址的內涵，包括遺物、遺跡、生態遺留、年代等資料。

三、試圖利用出土的考古資料，復原過去營埔遺址居民的生活方式。

四、以出土資料，作為了解營埔遺址內文化變遷的過程，以及與其他相關考古遺址及考古學礎。 ﹝何傳坤、劉克竑 2006﹞