在考古遺址中，除了人類製造的器物之外，有時還會發現動物遺存與植物遺存，一般合稱為生態遺留或自然遺存，大部分是人類進行生計活動時的殘餘物質。研究生態遺留可以獲得許多古代的信息，例如當時人吃什麼或當時社會的生態環境。

魚寮遺址出土的動物遺存數量與種類都不少，植物遺存則保存不佳。2002年發掘魚寮遺址時，在P8、P9探坑的F1貝塚中，採集到大量的貝殼，夾雜一些獸骨、鳥骨、魚骨，大部分可能是當時人的食餘。由於埋在貝殼之中，獸骨保存的情形普遍相當良好，只有一些經過火燒或破碎成小塊。

F1貝塚內出土大量的貝類標本，經篩洗、統計、分類後，比較完整的標本超過1萬件，重213公斤，此外太過破碎的標本，無法計算件數，重量也有15公斤，幾乎都是大牡蠣與血蚶的碎片。數量雖然不少，但只有8種貝類，而且各種貝類數量並不平均，以血蚶和大牡蠣占絕大多數，列表如下：

魚寮遺址發現的貝類，其生長環境大多分布於沿海潮間帶﹝海邊漲潮、退潮之間的地帶﹞、淺海泥沙底或紅樹林泥灘地等，也有部分為生長於溪流中的淡水貝。
魚寮遺址距離最近的海邊（東石一帶）已有20公里以上，但由於出現大量貝類的生態遺留，可知當時居民必以貝類為主要食材之一，據此推斷當時的史前聚落，可能在溪流的出海口或潟湖沿岸附近。

參考資料：

1. 台灣生物多樣性資訊入口網，http://taibif.org.tw/。

2. 《台灣貝類圖鑑》 賴景陽，2005 貓頭鷹出版社 台北市

3.《台灣貝類目錄》 巫文隆，2004 行政院農委會林務局 台北市

結節蜷 ﹝學名Stenomelania tortuosa (Bruguiere, 1789)﹞

腹足綱  中腹足目  錐蜷科

結節蜷為淡水貝類，生活在溪流的泥底。殼皮為黑褐色，螺塔尖而體修長多層，殼表有規則的方塊狀螺肋分布，接近底端則方塊狀螺肋消失。

魚寮遺址F1貝塚的結節蜷標本僅有27件，占總量的0.28﹪，主要分布在L4。

石田螺 ﹝學名Sinotaia quadrata (Benson, 1842) ﹞

腹足綱  中腹足目  田螺科  石田螺屬

石田螺為淡水貝類，棲息在湖沼、池塘或水田的軟泥中，亦喜歡生活在河川水流較為緩慢之河底；台灣各低海拔的河川、水塘等都有其蹤跡。

殼平滑呈圓錐狀，殼口呈卵圓形。殼色多變，從土黃色到黃綠色都有。有口蓋，其大小約如殼口，角質，具同心圓螺旋紋。

石田螺標本分布在F1貝塚的L4 ~ L5。

貝殼為貝類的外骨骼，最外層為有機質構成的殼皮，非常薄，死後殼皮常被分解而消失，剩下灰白色的石灰質殼身與內層的珍珠層；考古發掘出的貝殼標本，經過長期的掩埋，其殼皮均已消失，看不出原來的顏色，殼身亦有不同程度的剝落損壞。

貝殼的表面常有以頂端為中心，成同心圓狀分布的生長線；生長線乃因為貝類成長時其外殼也須跟著長大所造成的，當氣候好、食物多時長得快，生長線較疏，反之，則生長線較密，因此生長線紀錄了貝類的生長史，愈靠近頂端愈老，愈近邊緣愈新。

雙殼綱﹝Class Bivalvia﹞：因有兩個殼瓣而稱之，大部份的雙殼綱貝類的殼為兩側一樣大且左右對稱，如：血蚶、大蜆、文蛤、環文蛤皆是；也有不一樣大小或不對稱的雙殼，如牡蠣即是。就考古標本而言，一片貝殼即是一件標本，因此兩件標本才是一個生物體。

腹足綱﹝Class Gastropoda﹞：有舌狀腹足，能用腹足爬行而自由行動；其殼不對稱，螺殼則為螺旋形，如：石田螺、結節蜷等。

血蚶 ﹝學名Tegillarca granosa (Linnaeus, 1758) ﹞

雙殼綱   魁蛤目  魁蛤科

又稱粒蚶、魁蚶、泥蚶；棲息於熱帶淺海15~30公分的砂泥底海域或潮間帶 。在台灣以嘉義東石、布袋至台南最多。

血蚶有黑褐色色殼皮，殼皮脫落則為白色；以頂端為中心約有十多條至20條放射肋，肋上有小凸狀結瘤。殼內為白色，絞齒板直，絞齒多且細，殼邊緣有缺刻。

魚寮遺址F1貝塚以血蚶的數量最多，占總量的69.47﹪，分布由L2 ~ L 12皆有，但以L3 ~ L 9密度較高。為統計魚寮遺址F1貝塚出土的血蚶，訂定以殼寬3㎝以下的為「小」（S），3 – 4㎝為「中」（M），4 – 5㎝為「大」（L），5㎝以上為「特大」（XL）；再分為左殼與右殼。

大牡蠣〈長牡蠣〉 ﹝學名Crassostrea gigas (Thunberg, 1793)﹞

雙殼綱  鶯蛤目  牡蠣科  巨牡蠣屬

大牡蠣又稱牡蠣、蚵仔、蠔；棲息在潮間帶及淺海的岩礁海底，以其左殼固定在海底岩礁上，濾食浮游生物為生，由於其生長附著的位置不同，殼的形狀不規則且變化很大。牡蠣養殖即利用此特性，選擇較為大而完整的殼，用線串在一起，一排排垂吊在海中養殖，是本省最常見的食用貝類，現皆為養殖的，但魚寮遺址的史前居民，所食用的應為野生的大牡蠣，所發掘的數量占貝殼3成左右；分布在F1貝塚L2 ~ L11，以L4 ~ L 8密度較高。

文蛤 ﹝學名Meretrix lusoria (Roeding, 1798)﹞

雙殼綱  簾蛤目  簾蛤科  文蛤屬

文蛤俗稱粉蟯、蚶仔；棲息在淺海沙質的海底，能用強而有力的斧足潛砂；分布在台灣西部海域、全省沿海砂岸。

貝殼前端短圓但後端為三角形，殼頂偏向前端。殼表顏色變化多，有深灰色、深褐色、米黃色、白色等顏色。殼表平滑，但有自殼頂射出的八字紋。殼內為白色，鉸齒發達堅硬。

魚寮遺址F1貝塚中的文蛤標本分布在L4 ~ L11中，以L5和L7密度較高。

環文蛤 ﹝學名Cyclina sinensis (Gmelin, 1791)﹞

雙殼綱  簾蛤目  簾蛤科  環文蛤屬

環文蛤又稱赤嘴仔、赤嘴蛤、青蛤、海蜆，棲息在水深約在4-5公尺深的河口或砂泥質的淺水區，以其強而有力的斧足潛行，平常將水管伸出來交換氧氣及吸取食物。

殼呈膨大的圓形，前端圓弧而後端稍呈楔形。外殼顏色為黃褐色，但在外緣有紫色，有如一紫色環，因而得名赤嘴蛤。殼上有生長線及放射肋，在紫色的外環部份特別清晰而成為網紋彫刻。殼的內面為白色，內殼邊緣帶有紫色並有細小的鋸齒排列，鉸齒發達而堅硬。

僅在魚寮遺址F1貝塚中的L4、L5發現極少量的環文蛤標本 

大蜆 ﹝學名Cyrenobatissa subsulcata (Clessin, 1878)﹞

雙殼綱  簾蛤目  蜆科  大蜆屬

大蜆為淡水性貝類，棲息於水深3-5公尺之土砂中。過去曾主產於淡水河與基隆河交叉處及其下流淡、海水交會地帶。據文獻記載，曾盛產於台灣西部內灣河口，現已近乎滅絕。

大蜆的殼最大長達8公分，高度7公分以上，是所知蜆類中最大者，因而得名。殼表為黑褐色，殼內帶黃色為其特點。

魚寮遺址F1貝塚中發現的大蜆標本亦極少量，僅見於L4-L6和L8。