媽祖相關的傳說或神蹟很多，從生前到死後，無論是祈雨祈晴、收妖降魔、救災防疫、除蟲害、防盜匪、助平亂等，各式各樣都有，可以說是範圍廣泛，幾乎無所不包。

相傳默娘自幼便相當孝順，既孝敬父母又尊敬兄長。某日父親和兄長出海捕魚，她在家中幫母親織布。一時間忽覺困倦，伏機而睡。在睡夢中，她看見巨浪濤天，父親和兄長的船幾乎就要被海浪吞沒，默娘急忙伸手搭救，抓住父親和兄長要往岸邊游去。然而，織布機旁的母親看到默娘神色有異，不斷呼叫著她醒來。默娘醒來後放聲大哭，直言兄長因她回魂鬆手而墜海。

父親回到家中，悲痛地陳述海難的發生及不幸。母親才知默娘所言屬實，但已無可挽回。默娘悲泣，發願日後定要拯救危難中的海上漁民。此故事另有一說，默娘所救的是兄長，父親則不幸墜海罹難。但不論默娘所救的人是誰，在這個傳說中，顯現的是媽祖成為海上保護神的原型，以及彰顯她身為一介女子的孝行美德，做為後人的典範。

大道公即保生大帝，又稱吳真人，長於醫術。俗名吳本，和媽祖同為宋代人，亦生於福建。或許正因為地緣上的相近以及朝代上的相同，再加上兩人也都未婚即升天，因此譜出一段戀情。

據說天上諸神有意為兩人撮合姻緣，有一次兩人在祭典中巧遇，因此談起戀愛，甚至論及婚嫁。然而，就在婚嫁前夕，媽祖無意間看見母羊生產時的痛苦，想到婚後若生子也會經歷這般疼痛，因而萌生悔意，取消婚事。莫名被退婚的大道公心有不甘，一氣之下，每逢媽祖誕辰（農曆三月二十三日）出外繞境時，大道公就作法降雨，故意要洗去媽祖臉上的脂粉，讓她顯得狼狽。但媽祖也不甘示弱，每逢大道公誕辰（農曆三月十五日）巡境時，就施法颳起強風，讓他帽子掉落，儀容不整。台灣民間因此有句「大道公風，媽祖婆雨」的諺語，兩人鬥法鬥個沒完，但其實說明的是農曆三月多風多雨的景象。此時正值梅雨季節來臨之際，天氣狀況並不穩定。此外，「媽祖婆雨」的傳說也顯示出，迎媽祖的時候常常會有雨水相伴的現象。

媽祖在台灣的傳說不少，但特別的是接炸彈這一項，在全台各地普及度極高，不少地方都有此說，成為媽祖廟共享的神蹟。但這個傳說在不同的地方略有變化：

以彰化埤頭合興宮來說，記載中，二次大戰期間，美軍為轟炸合興村內的日軍，採取空襲投擲一枚炸彈，但並未引爆成功。事後據一位美軍飛行員所述，看見一名身著紅衫衣裙的婦女，用手接住了炸彈。當地民眾也發現，媽祖神像竟離奇斷了一隻手指頭。

在雲林北港朝天宮的版本是，美方空軍看見有位老太太騰空接住了一顆顆炸彈後，往北港附近的河床裡丟，因此炸彈未引爆。

在屏東萬丹的萬惠宮，美軍則是看見一位女子以手挽裙擺接住了炸彈，飛行員因為看呆了結果意外墜機。

嘉義朴子配天宮的媽祖，則是將美軍發射出來的子彈一顆顆吸磁鐵般吸了過去，而空襲當時躲避在廟內的民眾，則看到媽祖神像不斷冒汗。

台南安平的媽祖和高雄鳳山的媽祖則是將炸彈接住後丟到外海，台中新社的媽祖則是在機場接炸彈而保住機場，彰化南瑤宮的媽祖甚至遠赴基隆去幫忙。

這些版本雖然略有差異，但大抵上述說的都是媽祖接下炸彈為保護民眾的故事。一則反映了媽祖特異的神蹟，二則也反映出當時民眾心理的普遍不安，在戰爭時期無所依靠，求助於神明的幫助。

在媽祖身旁有兩名大將，綠面者為千里眼，紅面者為順風耳。據說兩名大將原為妖怪，分別是桃精、柳精，化身為人，桃精名為高明，柳精名為高覽。高明能夠眼觀千里，高覽可以耳聽八方。在殷紂王和周武王作戰時，兩人助紂為虐，但被周武王身邊的軍師姜子牙一一化解，負傷而亡，魂魄逃到湄洲附近的桃花山上。經過千年之後又修練成精，四處興風作浪，無惡不作，百姓苦不堪言。

默娘受眾人所託，決定作法收妖。兩妖初見默娘美色，竟然心生歹念垂涎，想要偷襲調戲。不料被默娘施法制服，爾後收為座下部將。從此之後，千里眼與順風耳就隨侍在側，輔佐默娘行善救難，用他們的專長助人，察見百姓的苦處與心聲。在隨從修行中，兩人成為最佳搭檔，也成為媽祖的得力助手。

另有一說，指媽祖是觀世音菩薩的化身，千里眼替她執行「觀」的任務，順風耳則替她執行「音」的任務，兩者合一正為「觀音」之意，為救苦救難而來到人間。