王爺的源起被定義為惡疫之神，厲鬼轉化，與鬼魅並無差別，且供祀於人煙俱寂的郊野小廟，與「萬善公」、「有應公」、「大眾爺」等相似。後因台灣的地區常有瘟疫，幫助居民除疫，因而興盛；後來在英靈崇拜的演變下，王爺的稱呼便興起。王爺的傳說眾說紛云，大部份的傳說多為三百六十五名學者或三十六名進士等與帝王之間相關的故事，因此王爺與賜封有關，且多以「代天巡狩」進行其職務。

貞觀皇帝李世民出征高麗遇險，山東濟南府溫鴻等三十六人救駕，受賜為進士，後三十六進士奉詔巡狩時發生船難，葬身魚腹，太宗建造「王船」超渡，船內奉三十六進士靈位送入大海（屏東縣東隆宮誌）。

另有一說為明太祖初年派三十六名進士前往南洋宣揚大明德威，卻遇颶風而亡，朱元璋感念下旨建造王船，並奉進士靈位於船內，後凡王船所到之處，沿海官民均視若神明，設案祭拜（劉昌博 1981）。

秦始皇當政時，活埋了三百六十五名儒生，後世哀憫其慘死，以王爺祭拜（劉昌博 1981）。

唐明皇為試驗張天師法力，預藏三百六十名進士於地下殿要天師作法，張天師被迫施法使得三百六十名進士死於非命，玄宗傷慟進士枉死，各賜王爺號，並勒令天下立祠供奉（鄭志明 1988）。

另有一說為明末最後一次科舉錄取三百六十名進士，但卻已改朝換代，進士不願仕清，自盡而歿，玉帝憐其忠，敕封為王（劉昌博 1981）。

傳說唐代有五名舉人進京趕考，投宿於驛站，發現瘟神正在五口井中播毒，於是投身井中死於疫毒。後村人發現井有死屍不敢用水，也得以免除一次瘟疫之災，後五舉人昇天為神，封為王爺，又稱「五顯靈官」（劉文三 1981）

王爺為國姓爺的化身。鄭氏三代君臣為台民所崇奉，入清後雖遭時忌，但台民崇奉依舊，在台地方官吏為免因禁止崇奉而激民變，視其為王爺之流容忍，且在志書或著述不敢明載，而因鄭成功曾受賜國姓為朱，因此遺民便以朱王爺代稱以避時忌（石萬壽 2009:206），亦有說法為鄭姓的河洛話發因像國語的「池」而池姓王爺指的便是鄭成功。

另鄭氏的臣子陳永華被稱為池王爺則因其時任參軍，台民以參軍所居門前皆有池塘，兼以避時忌，稱參軍為池王爺。（石萬壽 2009:225）。