復後沈寂許久的阿里山地區考古工作於1993年再度展開，中央研究院歷史語言研究所的研究人員在曾文溪上游進行了系統的考古調查工作，又發現了15處遺址，並重新在Yingiana遺址進行發掘（臧振華 張光仁 1996）。這兩年來，國立自然科學博物館人類學組的研究人員更多次於阿里山地區進行調查與發掘工作，確認的遺址有40多處，經過發掘的有樂野村Veiyo（鹿野忠雄1941年發掘的Vuyio可能就是此處）邊緣一處稱為Daimaeyayan（若以鄒語拼音則是Tamayayana）的地方（劉克竑、何傳坤 1998）、達德安3號、新美村Niahosa河階地上的Cayamavana 1(茶山)遺址等多處遺址。

　　由這些工作可以確認阿里山地區的史前文化內涵主要可分為以細繩紋紅陶為代表的Yingiana下層文化遺存，以及以素面粗砂紅褐陶為代表的Yingiana上層文化遺存。