沒有人會把烏龜或鱷魚當成蛇。但連爬蟲學家都會錯把無腿的蜥蜴當成蛇，反之亦然。蛇與蜥蜴一些相似特徵出現於共同祖先的遺傳基因上，但在行為和解剖學上卻有同功演化趨勢，但蛇與蜥蜴基因有一致性，所以我們知道蛇和蜥蜴遠比其它爬蟲類關係更密切。雖然蛇和無足蜥蜴無密切相關，但在演化上我們可說蛇是無足蜥蜴，很像是蛇蜥、蚓蜥等。蛇第一次出現在億萬年前（請見何時出現蛇單元）。

　　乍看時蛇跟蜥蜴似乎容易辨別，但在外形上卻有很大的不同，例如四肢和眼皮的退化等。蛇的結構具有獨特性，並非是肉眼所能見的。蛇的特性包括一個不能運作的左肺，一個氣管的肺，一個專業的視網膜，前面兩邊是分開的下頜。大部分蛇的腹部就像是被堆土機壓過的一個擴展的縱列。多數蛇的眼睛是非常發達，但眼皮卻已退化。每個眼睛有一個透明、類似眼鏡包裹著。蛇沒有中耳和內耳，亦無外耳孔。

　　蛇沒有任何前肢、肩腰和胸骨，類似一些無足類或蜥蜴，所以這些特徵並不能區別蛇與蜥蜴。多數蛇也缺乏一些骨頭，如後肢和腰骨等。然而較早出現的蛇（如蟒蛇和盲蛇等）有後肢和骨盆的遺跡。在蟒蛇和巨蛇接近泄殖腔部位可看見有後肢的遺留物。每個後肢的遺留物包含一個微小圓柱狀的骨頭。這些後肢的遺留物有肌肉連接且可以移動。雄性蟒蛇的後肢的遺留物比雌性大，在求偶期中雄性會用自己的後肢的遺留物來刺激雌性，達成交配目的。