小昆明蟲是具有雙瓣殼的小型節肢動物，在許多層位的地層中，經常是數千個化石一起被發現；就數量而言，小昆明蟲是澄江生物群中最重要的組成；不過，其中有保存軟軀體結構的化石數量很少。
小昆明蟲雙瓣殼的厚度薄，礦化弱；在兩片殼辦表面的背側前端，各有一個顯著的瘤狀突起，背側後部有一斜向前腹側的突出後脊；殼表突出的邊緣之外有一較平坦的邊緣帶。
蟲體大部分都包覆於雙瓣殼內，在前端有一對可伸出殼緣的觸鬚；具有7對雙支型附肢，其中3對可能位於頭的部位。雙支型附肢的外足葉狀，邊緣有剛毛，推測有呼吸的功能；內足長，至少由5個肢節所構成，可能有步行的功用；特別的是頭部位附肢的內足內側有長刺，看起來就像釘耙；最後一對內足特別細長。至於蟲體末端的形態，目前不是很清楚。根據蟲體附肢的研究，有學者認為小昆明蟲可能不是介形蟲，可能也不歸屬於甲殼類動物。
小昆明蟲可能是底棲生物，在澄江生物群伴隨發現的糞便化石中，經常含有許多小昆明蟲的殼體，顯示小昆明蟲可能是許多較大型動物掠食的對象。小昆明蟲目前已知的所有種類紀錄，均見於早期寒武紀地層。