三趾馬的體型有點像現在的小馬，其實它優雅的型態，已經十分接近現代馬，，最大的差別是它仍保有三趾的特徵，但是體重已經大多由變強壯的中趾所負擔，其餘二趾已不太有作用。它也是在馬類的演化歷程中，眾多分支的其中一支。在中新世時，也就是距今大約二百萬年前，它們的棲息地開始從北美洲草原，逐漸擴散到歐亞大陸及非洲。
　　三趾馬已略具有典型的高冠齒特徵，即指齒冠的長度大於齒根，這意味著馬的牙齒變為耐用。而且三趾馬的臼齒咀嚼面也已經不再像始馬是多瘤狀突起的紋路，而是開始發展成略為複雜的摺皺磨蝕面，已方便於咀嚼乾燥的雜草。