這是會出現在你我週遭環境的鼠類。
展示 - 臺灣獼猴。本館所典藏之鳥獸標本係以製作成棍棒狀的研究用毛皮標本,散狀的骨骼研究用標本為主及浸泡在酒精中保存的浸液標本為主。蒐集對象方面基本上希望以臺灣本土產的野生動物相為主，而且每個種類在臺灣的每個地點，每隔一段時間都有代表標本存於本館，行有餘力再擴及地緣關係相近的其他地區如中國大陸及東亞，而外來種動物標本蒐集亦逢機進行。
本館的鳥獸標本所能提供的用途包括：
- 本館之展示，配合本館展示組之規劃提供適當的標本展出。
- 提供大專以上相關專業科系如生物系、動物系，進行鳥獸相關課程之實習課用標本。
- 提供相關動物學研究者或相關動物種類鑑識工作者來館或借出比對標本。
- 提供動物繪畫工作者觀察或臨摹特定鳥獸種類。
自然史博物館等於是一個社區的自然物及其歷史物證存放的地方，館藏標本大多伴隨著清楚的來源資料，因此，這些標本也許是罕見種類，也許只是麻雀或家鼠，若能隨著時間逐漸完整累積，不但能成為該社區存在過哪些動物種類的直接證據，一個重視標本保存的社群，通常其居民能夠更清楚週遭環境的細節，甚至它的四季變遷與歷年來的變化，進而也比較能夠發展出與自然環境和諧共處的生活模式及發展方式。
展示 - 小黃鼠狼。旨在建立臺灣本土鳥類和哺乳類標本資料庫，並冀望能成為研究臺灣地區鳥類和哺乳類的重鎮。目前本學門標本的收藏量，鳥類方面有 18 目 70 科 369 種，約 5,000 件；獸類方面有 11 目 35 科 115 種，約 4,000 件，標本保存的種類有毛皮標本、骨骼標本、浸液標本以及少量的鳥蛋標本。
今年開始，將作鳥類錄鳴唱的音，並作系統的收藏。標本的來源除了每年例行的採集外，也接受各地愛護動物團體、野鳥學會和民眾在野地撿拾送來的動物屍體，以及政府依法取締的動物和海關沒入的動物產製品之託管。
每一件標本都有一筆完整的資料，這些資料都輸入電腦，俾便統計、查詢、列印，以及與他館或學術單位交換資訊。鳥獸學門的標本，除提供研究、展示、教育等方面的服務外，也為業餘愛好者作標本比對和認識的服務。此外，也與國際間相關博物館交換標本。
本館鳥類和哺乳類標本蒐藏係以研究用標本為主，有毛皮標本、骨骼標本、浸液標本、冷凍組織以及少量的鳥蛋標本及鳥類鳴唱錄音。
標本的來源包括採集、捐贈、交換、購買，目前是以接受各地愛護動物團體、野鳥學會和民眾在野地撿拾送來的動物屍體捐贈為主要來源，兼及政府依法取締的動物和海關沒入的動物產製品之託管。
機關或民眾若要捐贈動物屍體給本館製作標本，可先電話聯絡動物組鳥獸學門。死亡的動物應予以塑膠袋或報紙加以包裹，連同一張載有捐贈者姓名地址電話，以及該件標本的採集 (出現) 地點、時間、採集者姓名等資料的紙條一同冰存在冷凍庫中(或家用冰箱的上層)，凍成硬棒狀再送至博物館，若無法先冰存則應盡快送抵博物館標本處理人員手中。
標本進入本學門後之處理程序概略如下：
a. 標本入館作業---暫時號
無論由何種途徑獲得的標本，也無論是何種狀況的標本，進入本學門工作室首先要編定連續編號之暫時號，方法是一件件個別包裝，並於適當地方註明其暫時號，還要將其相關資料填入暫時號登記簿中，才能開始進行標本處理工作或送入冰箱冰存。
此項程序非常重要，除可確保從入館到剝製完成，資料與標本仍能有秩序的配合外，亦為物種資料記錄的重要步驟，因為許多重要特徵在剝製後便不復存在，故需於製作前仔細檢查、詳予紀錄。
b. 標本製作---編目號
標本製作時應確認暫時號標籤全程都跟著標本，以防資料逸失。標本一旦剝製完成需立即綁上編目號標籤並填寫編目單完成編目。編目號等於是該件標本在本學門的正式身分證字號，是一個按標本完成的順序給的流水號。
最新鮮的屍體可以製成浸液標本及毛皮標本。浸液標本係以 5% 福馬林先予以固定，再以 70% 酒精作永久保存。中小型屍體毛皮標本的製作，係單純將毛皮整張剝下，將皮內面黏附的脂肪肌肉組織仔細清除乾淨後先浸透在 70% 酒精中，再取出瀝乾填入棉花成棒狀形即可。大型毛皮韖製則委外製作。哺乳類標本需將頭骨取出另製。
經綁上編目號標籤的翠翼鳩毛皮標本。
甫完成漂白的鳥類骨骼標本，待晾乾後放入專用無酸紙合並送入冷凍庫冷凍除蟲本學門目前針對獸類動物新鮮標本留取其組織冷凍保存，留存的組織包括肌肉和肝，組織以乾淨的刀片切取後放入冷凍小管直接置於冷凍庫保存。骨骼標本的製作是先將屍體的內臟清除，肌肉也稍加清除，綁上暫時號標籤並晾乾，利用鰹節蟲啃除肌肉留存骨骼，再經浸泡 10% 氨水漂白後泡清水到乾淨為止，即可送入烘箱低溫烘乾，然後置入保存骨骼專用之無酸紙盒。
c. 標本入庫與維護---登錄號
密閉雙門蒐藏櫃組成的移動櫃。標本製妥收入蒐藏庫保存的同時，需向本館典藏組報備該件標本並取得其登錄號，本項編號代表該件標本正式成為館產。
標本製妥或標本一旦離開過蒐藏庫，均需先打包送入冷凍庫以 -30℃ 進行除蟲除霉後才可送入蒐藏庫中保存，此為必要程序不可省略。若發生蟲害目前均以冷凍或以 p-dichlorobezene 燻蒸對個別標本除蟲，另每年委外以除蟲菊精針對整個蒐藏庫房進行燻蒸除蟲。標本之保存有專用之無酸紙盒，浸液標本則使用固定尺寸之標本瓶。
本學門蒐藏庫空調定為 24 小時溫度 22℃，相對溼度 50%，蒐藏櫃主要為密閉雙門櫃所組合而成的移動式櫥櫃，櫃內溫溼度微環境十分穩定，並可防止蟲害擴散；蒐藏品平日僅供標本保存及標本研究觀察之用，工作人員僅在存取及維護標本時才進入，非工作人員欲利用或參觀標本需事先預約。
標本在蒐藏庫內的存放位置係按分類位置安排，同物種或分類群的標本放置在一起便於尋查，每列及每個蒐藏櫃貼有標籤標示存放內容。
d. 標本之利用
本學門標本開放給社會大眾使用，使用方式包括標本庫房參觀、標本借用、標本交換、移轉等。這些服務原則上需由學門負責人及本館典藏組核可方可行之。
民眾或機關團體欲參觀蒐藏庫，應先來函或發文申請，並告知參訪人數及日期以便安排。為避免干擾保存環境太劇，一次進入蒐藏庫的人數應以 20 人為限，10 人以上的團體一週應以一個為限。參觀者不得接觸標本，也不能自行開啟蒐藏櫃，且必須至少有一位本學門同仁全程陪同。
臺灣產鯨豚骨骼標本蒐藏情形。標本之借用分為在庫房內使用及外借，在庫房內使用原則上經學門同意即可。外借標本則需經填寫標本異動單正式向館方申請，外借時間以半年為一期，續借三期為限，外借展覽使用則視展期需要個別簽定借期。
標本之交換與移轉需經由本學門研究人員審核同意，事先洽妥欲交換或移轉之物種與件數，原則上標本之交換或移轉是以考量服務社會大眾研究本土性物種相關類群之必要性時為之。
e. 標本資料之保存
標本資料包括入館時間、採集時間、地點、採集者、捐贈者、標本內容、剝製者，及性別成幼身長體重等基本觀測。標本資料之重要性等同於標本本身，標本的暫時號登記簿及編目單都需要伴隨標本作永久典藏，為延長書面資料壽命，故使用無酸紙張與針筆為之；除此之外，這些資料也都已數位化，存到電腦檔案中，極易查詢及整理，可提供館內外研究者參考使用。
| 臺灣山鷓鴣( 深山竹雞 ) | Arborophila crudigularis (SWINHOE) | Taiwan Hill Partridge |
| 藍腹鷴 | Lophura swinhoii (GOULD) | Swinhoe's Pheasant |
| 栗背林鴝 | Tarsiger johnstoniae (OGILVIE-GRANT) | Collared Bush Robin |
| 黑長尾雉（帝雉） | Syrmaticus mikado (OGILVIE-GRANT) | Mikado Pheasant |
| 臺灣噪眉（金翼白眉） | Garrulax morrisoniarus (OGILVIE-GRANT) | Taiwan Laughing Thrush |
| 臺灣紫嘯鶇 | Myiophoneus insularis GOULD | Formosan Whistling Thrush |
| 烏頭翁 | Pycnonotus taivanus STYAN | Formosan Bulbul |
| 紋翼畫眉 | Actinodura morrisoniana OGILVIE-GRANT | Formosan Barwing |
| 火冠戴菊鳥 | Regulus goodfellowi OGILVIE-GRANT | Taiwan Firecrest |
| 黃山雀 | Parus holsti SEEBOHM | Taiwan Yellow Tit |
| 白耳畫眉 | Heterophasia auricularis (SWINHOE) | Taiwan Sibia |
| 黃胸藪眉（藪鳥） | Liocichla steeri SWINHOE | Steere's Liocichla |
| 臺灣藍鵲 | Urocissa caerulea (GOULD) | Taiwan Blue Magpie |
| 冠羽畫眉 | Huhina brunneiceps OHILVIE-GRANT | Formosan Yuhina |
| 褐色叢樹鶯 | Bradypterus alishanensis | Taiwan Bush-Warbler |
| 細尾長尾鼩 | Soriculus (Chodsigoa) sodalis Thomas,1913 | |
| 臺灣煙尖鼠 | Soriculus (Episoriculus) fumidus Thomas,1913 | Formosan Shrew |
| 臺灣大蹄鼻蝠 | Rhinolophus formosae | Formosan greater horseshoe bat |
| 臺灣小蹄鼻蝠 | Rhinolophus monoceros | Formosan lesser horseshoe bat |
| 臺灣寬耳蝠 | Barbastella sp. | Formosan barbastelle |
| 臺灣葉鼻蝠 | Hipposideros terasensis | Formosan leaf-nosed bat |
| 臺灣管鼻蝠 | Murina puta | Formosan tube-nosed bat |
| 寬吻鼠耳蝠 | Myotis latirostris | Formosan broad-muzzled bat |
| 臺灣鼠耳蝠 | Myotis taiwanensis | Formosan mouse-eared bat |
| 黃喉家蝠 | Pipistrellus sp. | Yellow-throated house bat |
| 臺灣長耳蝠 | Plecotus taivanus | Formosan long-eared bat |
| 臺灣彌猴 | Macaca cyclopis | Formosan Rock-monkey |
| 臺灣野(長鬃)山羊 | Naemorhedus swinhoei | Formosan Serow |
| 刺鼠 | Niviventer coxingi | Spinous Country Rat |
| 臺灣森鼠 | Apodemus semotus | Formosan Field Mouse |
| 高山田鼠 | Microtus kikuchii | Kikuchi's Field Vole |
| 高山白腹鼠 | Niviventer culturatus | Formosan White-bellied Rat |
| 高山小黃鼠狼 | Mustela formosanus |