全世界的兩生類在生存上正面臨各種不同的威脅。從地理規模來看，這些嚴重的危害涉及的範圍從全球性的現象像是天氣變化到局部性的因素，比如說蟾蜍在前往生育池塘的路上，當通過道路時被路上行駛的車輛輾過而死。有關保護兩生類究竟該做些什麼以及由誰來做的問題，其答案必須視保育的倡議被導引至何種規模而定。如果兩生類減少的案例確實是由天氣變化、紫外線輻射量的增加或酸雨造成，那麼解決方法則掌握在執政者及全球組織的手中，而他們必須藉由國際條約和協定尋找出最適當的處理方式。至於個人及當地的團體在抵制這種威脅上能做的事相當有限，倒不如增加聲浪以催促政治領導人物讓環境議題在議程表上有所提升較為實在。
　　然而，在當地仍有許多保育人士組成的小型團體進行保護及助長兩生類的事蹟。在英國、歐洲大陸及北美洲許多地區，當兩生類正在遷徙時，有些團體會在春天的夜裡外出保護牠們橫越人來車往的馬路，甚至某些地區已由這些團體成功說服官方單位將一些至為重要的道路關閉一段適當的時間。另一種應付此種威脅的策略就是在道路底下建立隧道，如果設計和安置得宜就能有效幫助兩生類安全地抵達生育地。
　　棲地消失能小範圍地以棲地重建的方式得到補償。在英國和美國進行的研究顯示那些創建在農業用地上的新池塘已有水螈、青蛙及蟾蜍快速地聚集。即使是花園中極小的池塘也足以維持兩生類族群的生存，但條件是不能在池塘中放養魚類。據估計英國現今已有相當大比例的林蛙族群居住在花園的池塘中而非自然棲地。兩生類可說是花園裡的意外收穫；林蟾已被稱為「花園的好朋友」，這是因為牠們以蛞蝓及有害昆蟲為食。
　　然而保育學家也必須要記得的是多數兩生類只會花一小部分的時間待在水中，因此創建合適的陸生棲地就跟創建新池塘一樣重要。由於我們對陸生兩生類動物的生態學了解很少，為牠們創建合適的棲地經常是以猜測的方式進行。
　　許多已開發國家中，瀕臨絕種的兩生類物種被給予各種不同層級的合法保護。例如，在英國，蒐集或獵殺冠蠑螈（Crested newt）或黃條蟾蜍（Natterjack toad）是不合法的。更重要的是，牠們的生育地也通常會受到保護，打算破壞池塘的開發者必須在緩解措施上付出代價，像是在別處創建一個讓受威脅的族群能遷移過去的池塘。
　　有些兩生類則是藉由包含人工繁殖及將動物釋放到自然環境中而成功復育，這些程序必須在和與保護棲地的措施相互配合之下進行。兩生類這種具極大潛力的復育方式都要歸功於牠們的高繁殖力。圈養時，平常在自然環境由掠食者所造成的高死亡率可以被避免掉，進而導致大量的動物得以產生。馬約卡產婆蟾（Alytes muletensis）已經用這種方式獲得復育，而在澳洲也正尋求同樣的方案來保護瀕臨絕種的科羅澳擬蟾（Corroboree toadlet（Pseudophryne corroboree））。
　　疾病在兩生類減少的作用當中需要一套屬於自己的保育措施來加以防範。由菌類的疾病如壺菌病所感染的兩生類個體能被治療人類香港腳的藥劑所治癒！儘管如此，這種治療方式對保護自然族群其實沒什麼幫助。另外，有一種可能是那些尋求保育兩生類的兩生爬蟲學家，無意中由他們的橡膠靴子或蒐集用的設備攜帶了孢子而散播疾病。有許多組織，例如兩生類族群衰退工作團（Declining Amphibian Population Task Force），已發行了指南以嘗試避免兩生類疾病在當地散播。而從國際的層級來看，世界各地都有控制及減少兩生類遷移的行動以嘗試降低疾病從一個國家或一個洲散佈到另一個的機會。
　　兩生類的自然保護區是一種非常顯著的保育方式，雖然它們仍無法保護到許多兩生類所面臨的威脅。其中相當重要的議題之一就是這些保護區應該如何設計才能提供兩生類最理想的環境。儘管受到嚴密的保護，但以單一生育地為基礎的族群最終仍可能因為造成近親繁殖而面臨滅絕。許多兩生類需要相當容易橫越並由生育地所連結而成的網絡系統，這是為了維持族群高度的基因多樣性。
　　儘管保育兩生類在當地、國家及國際的層級上有那麼多能進行且正在進行的工作，但多數都是抱持著期望多於成功的預期。真正有效率的保育需要對生態學有深入的了解，然而令人遺憾地關於兩生類生態學有許多方面仍然被極度地忽視。對於大多數的兩生類我們甚至不知該如何回答這個簡單的問題：在非生育期間，兩生類都到哪去了？