真菌研究者經常在野外採集，有時忽略了在屋子內就有不少的真菌存在。這些室內的真菌多屬於微小真菌，尤其當建築物是以大量有機物質如木材等作為建材時，這些有機材質可被真菌分解作為營養的來源，當環境適合，如濕度較高時，真菌就會默默地擴展版圖。

　　室內真菌通常最易於環境中較易累積濕氣處繁殖，例如浴室角落、縫隙、瓶罐底部，廚房碗櫥、櫥櫃、天花板、受潮的壁紙、書本、通風不良的牆角處或潮濕的地下室等。另外當雨季來臨，空氣中溼氣重，屋頂牆壁防水不良或水管漏水時導致室內受潮嚴重，尤其台灣近年來颱風或豪雨等天災過後部分低窪地區易造成淹水，室內真菌生長的問題很容易發生。另外建築物的空調管路、實驗室或工廠的冷房等溫差大易產生凝結水，或鍋爐室等有大量水蒸氣產生處，亦是室內真菌生長相當容易孳生的地方。

　　這些室內真菌當數量多時會造成人的不適或疾病，包括會造成人的哮喘(asthma)、鼻炎(rhinitis)、甚至濃度高時會造成外源性過敏性肺泡炎(extrinsic allergic alveolitis)，這些過敏性疾病對於較敏感的幼童更具威脅性。會造成這些健康問題主要的原因是室內真菌所產生的孢子或菌絲片段被人體由呼吸道吸入成為過敏原(aeroallergen)，引發各種過敏反應而影響人體的健康。有一些室內真菌在醫院會造成嚴重的問題，例如Aspergillus fumigatus對免疫力衰弱的病患或當某些手術或疾病需使用藥物抑制病患免疫力時，感染這些微生物會造成生命的危險。這些室內真菌有些會產生具揮發性的氣體，數量多時會造成明顯的霉味，這些氣體通常是一些醇類、醛類、酮類的氣體，濃度高時會造成頭痛、眼鼻喉部位的刺激與不適。
室內容易分離到的真菌種類與戶外分到的真菌種類經常並不大相同，倒是與食品中的一些常見真菌相類似。有紀錄的常見室內真菌大約有一百多種，經常分到的菌屬包括Alternaria、Aspergillus、Cadophora、Chaetomium、Cladosporium、Curvularia、Eurotium、Fusarium、Mucor、Penicillium、Phoma、Scopulariopsis、Stachybotrys、Trichoderma、Ulocladium等，其中有不少的種類具有相當的耐乾性或嗜乾性(例如Eurotium、Wallemia)。有趣的是，這些室內真菌經常可形成相當純的菌落，不同的菌不太會混雜生長，故相當容易分出純菌。

　　雖然有一些室內真菌屬於可產生真菌毒素的菌種，包括Aspergillus flavus、A. niger、A. versicolor、Chaetomium globosum、Penicillium chrysogenum、Stachybotrys chartarum等，但這些菌種在室內環境多數並不會產生真菌毒素。
進行室內真菌調查時一般可使用直接取樣、分離及鏡檢方法，很容易鑑定到屬。簡便方法可以用無菌棉花棒沾黏發霉區域再塗抹於培養皿上進行純化與鑑定，另外有一種簡單方便的取樣檢視方法，是取一段透明膠帶，直接黏取發霉部位的表面，再將透明膠帶黏至載玻片上，中間滴上一滴Lactophenol或Lactic acid (with cotton blue)後即可直接於顯微鏡下觀察，這種方法有一個好處是可保存真菌形態與結構的完整，特別是像Cladosporium spp.之類的不完全菌，其分生孢子柄很容易斷裂、分散的真菌物種之觀察與鑑定很有幫助。另有還有一種特別的空氣取樣器，可設定吸取定量的室內空氣，將分布於空氣中的真菌孢子收集後培養於培養皿再純化鑑定其真菌種類，此法可計算出空氣中真菌孢子的濃度，但對於不易產生airborne 孢子的真菌則不易偵測或容易低估。

* 圖說：1.常見的室內真菌Chaetomium globosum。
* 作者：謝松源

* 圖說：2.常見的室內真菌Cladosporium herbarum。
* 作者：謝松源

* 圖說：3.常見的室內真菌Scopulariopsis brevicaulis。
* 作者：謝松源

* 圖說：4.常見的室內真菌Tritirachium oryzae。
* 作者：謝松源

* 圖說：5.常見的室內真菌Tritirachium oryzae。
* 作者：謝松源