現今已發現的礦物種類中，只有少數礦物呈現單一顏色，例如：黃色硫磺、金黃色自然金、綠色孔雀石、藍色藍銅礦（圖一）、紅色菱錳礦、鮮紅色辰砂、黑色磁鐵礦和石墨等。然而大多數礦物在晶體結構中，或因摻入些許雜質，或因晶體存在某種缺陷，導致同一種礦物卻出現多種顏色的現象。鑑於自然界中佔多數之他色性礦物的顏色富於變化，因此，在鑑定礦物時，顏色往往不被列為重要參考的依據。
　　我們以鑽石為例，若純由碳元素組成，則呈透明無色；然輕微偏黃的鑽石，乃是氮原子取代碳原子的結果；美國史密森機構國家自然史博物館的鎮館之寶—希望之鑽（Hope diamond），因在以碳原子為主的八面體結構中，混入少量硼原子至結晶格子內，所以具有稀罕而高貴的深藍顏色。
　　一般呈色離子在晶體內不一定作均勻的分佈。若分佈不均，會使晶體的顏色濃淡不一，藍寶石和紫水晶便常具有此種特性（圖二）。

* 圖說：藍色藍銅礦。
* 作者：洪誌楀拍攝
* 智財權：國立自然科學博物館

* 圖說：紫水晶因二價鐵離子分佈不均導致紫色的濃淡不一。
* 作者：洪誌楀拍攝
* 智財權：國立自然科學博物館