兩生類在世界各地正遭受危害。儘管物種的滅絕在地質年代表中是相當正常的事，但兩生類正以令人擔憂的速度消失當中。在新熱帶地區、澳洲及紐西蘭，至少有十個物種在近二十年被認為已經完全滅絕。最近的研究指出，造成滅絕最主要的是環境因素，包括了殺蟲劑及其他的汙染、掠食者及競爭者的引進、商業開發、紫外線曝曬的增加及寄生性壺菌的感染。然而最重要的原因為合適的棲地消失，特別是賴以為生的繁殖區。
這些滅絕所造成的影響相當深遠，兩生類代表了陸生生態系統的主要部分，在牠們的小型無脊椎動物獵物和以牠們為食的大型脊椎動物之間扮演著重要的營養鏈結。同樣地，在水生棲地當中，蝌蚪不只是主要的單細胞藻類及單細胞生物的消費者，且藉由變態為陸生的成體，促使養分從淡水的水域流動到陸生的棲地。
要扭轉這些趨勢則必須要有基礎的研究以提供物種生物學的關鍵知識、對當地人保護兩生類的觀念進行教育、對當地保護及管理國際貿易的立法以及在合理範圍內的族群重建。但是如果缺乏對合適棲地進行維護，這些所有的行動最終都將無法成功。