「魚寮遺址」位於嘉義縣太保市港尾里魚寮聚落西側，是嘉義平原地區最具代表性的史前遺址，文化內容屬於大湖文化魚寮類型。本館人類學組考古隊分別於2002年、2003年前往考古發掘，成果豐碩，本書是這兩次發掘的發掘紀錄、研究分析與成果。

本書詳述魚寮遺址的地理位置、考古研究簡史和地表調查的分法、探坑發掘的過程；並對魚寮遺址的出土的遺物、生態遺留與灰坑現象進行研究，描述各類石器與陶器的材質與器形，並進行實體復原，重建魚寮人使用工具與器具的方式；探討分析生態遺留與灰坑現象，重建魚寮人當時的生活情境；以碳十四與熱釋光測年，分析遺物的年代，以確定此文化期的年代，並更進一步探討大湖文化魚寮類型與臨近文化期的關聯性。

由於本館發掘魚寮遺址的豐碩成果，2007年11月，魚寮遺址成為嘉義縣的縣定遺址。

本遺址數位化成果，請見臺灣史前文化知識庫。